Morrowind содержит множество заданий и событий, но основная сюжетная линия игры вращается вокруг Трибунала — троих божественных правителей Морровинда — и противостоящего им живого божества по имени Дагот Ур. Как члены Трибунала Вивек, Альмалексия и Сота Сил, так и Дагот Ур в древности были смертными сподвижниками великого героя по имени Неревар Индорил в войне против народа двемеров. В то время как Трибунал признает Морровинд частью Тамриэльской империи, Дагот Ур, получивший огромную власть благодаря артефакту под названием Сердце Лорхана, желает подчинить провинцию себе. Для этой цели он возглавляет культ под названием Шестой Дом и сооружает в недрах вулканической Красной Горы гигантского голема по имени Акулахан, подобного Нумидиуму из The Elder Scrolls II: Daggerfall. Моровые бури, связанные с Дагот Уром, разносят по Вварденфеллу заразные заболевания.

Подобно протагонистам в других играх серии, главный герой Morrowind является никому не известным заключенным; его пол, расу и внешность игрок может определить по своему усмотрению. Власти Тамриэльской империи отправляют его на остров Вварденфелл на корабле, где освобождают и направляют к Каю Косадесу — члену секретной организации Клинков, подчиняющейся императору. В дальнейшем игрок свободен в поиске заданий и интересных мест на острове; Кай Косадес выступает в роли наставника и руководителя главного героя, направляя его расследовать таинственные исчезновения местных жителей и пророчества. Эти события связаны с ожидаемой реинкарнацией Неревара Индорила — появлением возрожденного мессии, известного как «Нереварин». Под управлением игрока герой игры занимает это место, либо действительно будучи воплощением Неревара, либо, по крайней мере, используя религию Морровинда в интересах Тамриэльской империи или своих собственных.

На игрока возлагается задача выполнить пророчества о Нереварине и бросить вызов Дагот Уру. Пророчества являются отдельными заданиями — они включают в себя, например, заражение корпрусом и исцеление от этой болезни, а также объединение различных враждующих группировок на острове. После выполнения пророчеств герой может заручиться помощью Вивека, одного из божественных членов Трибунала, или убить его; с помощью чудесных артефактов — «Инструментов Кагренака» — он может разбить Сердце Лорхана в недрах Красной горы и таким образом лишить Дагот Ура источника силы. Сражение с Дагот Уром является последней связанной с сюжетом битвой игры; после смерти Дагот Ура игрок получает поздравления от богини Азуры и может свободно исследовать остров дальше. С уничтожением Сердца Лорхана и Дагот Ура мир игры частично меняется — прекращаются моровые бури, а порабощенные Дагот Уром члены Шестого Дома возвращаются к нормальной жизни.

Дополнения Tribunal и Bloodmoon добавляют в игру новые места за пределами Вварденфелла — город Морнхолд на материке и северный заснеженный остров Солстхейм соответственно. В Tribunal игрок сталкивается с угрозой со стороны организации убийц — Темного Братства — и выполняет различные задания для короля Хелсета и живого божества Альмалексии, а также посещает населенный механическими созданиями Заводной город, принадлежащий другому божественному члену Трибунала, Сота Силу. События дополнения Bloodmoon связаны с колонизацией острова Солстхейм Восточной имперской компанией и угрозой со стороны оборотней; как выясняется, эта угроза исходит от бога Хирсина, Принца Охоты, и игровой персонаж сам становится оборотнем. Он может либо выступить на стороне Хирсина, либо, наоборот, излечиться от проклятия и бросить Хирсину вызов.